מזרק הדלק הנשלט אלקטרונית הוא המרכיב המכריע והמורכב ביותר במערכת הדלק של הרכבת המשותפת. תפקידו, בהתבסס על אותות הבקרה הנשלחים על ידי ה-ECU, לשלוט בפתיחה ובסגירה של שסתום הסולנואיד כדי להזריק את הדלק במסילת הדלק בלחץ גבוה- אל תא הבעירה של מנוע הדיזל בתזמון ההזרקה, נפח ההזרקה וקצב ההזרקה האופטימליים.
המבנה של מזרקי הדלק הנשלטים אלקטרונית של BOSCH ו-ECD-U2 דומה בעצם. שניהם מורכבים ממזרקי דלק, בוכנות בקרה, חורי שליטה בנפח ושסתומי סולנואיד בקרה הדומים לאלו של מזרקי דלק מסורתיים. איור 5 מציג את תרשים המבנה של מזרק הדלק הנשלט אלקטרונית של BOSCH. כאשר שסתום הסולנואיד אינו מופעל, שסתום הסולנואיד סוגר את חור המדידה A בחלק העליון של בוכנת הבקרה. לחץ הדלק של מסילת השמן בלחץ גבוה- פועל על בוכנת הבקרה דרך חור המדידה Z, וסוגר את הזרבובית. כאשר שסתום הסולנואיד מופעל, חור המדידה A נפתח, הלחץ בתא הבקרה יורד במהירות, בוכנת הבקרה עולה, מזרק הדלק מתחיל לרסס דלק. כאשר שסתום הסולנואיד סגור, הלחץ בתא הבקרה עולה, ובוכנת הבקרה יורדת כדי לסגור את מזרק הדלק ולהשלים את תהליך הזרקת הדלק.
הצורה ששלטה בקצב הזרקת הדלק צריכה להיות אופטימלית באופן סביר ומתוכננת כדי להשיג את צורת הזרקת הדלק שנקבעה מראש. נפח תא הבקרה קובע את רגישות שסתום המחט כשהוא נפתח. אם נפח תא הבקרה גדול מדי, שסתום המחט לא יכול לנתק במהירות את אספקת הדלק בסוף הזרקת הדלק, וכתוצאה מכך לאטומיזציה לקויה של הדלק בשלב מאוחר יותר. נפח תא הבקרה קטן מכדי לספק מהלך יעיל מספיק עבור שסתום המחט, מה שמגביר את התנגדות הזרימה במהלך תהליך ההזרקה. לכן, יש לבחור באופן סביר גם את נפח תא הבקרה בהתבסס על נפח הזרקת הדלק המקסימלי של הדגם.

לגודל פתחי הבקרה A ו-Z יש השפעה מכרעת על מהירות הפתיחה והסגירה של מזרק הדלק ועל תהליך הזרקת הדלק. שלושת מבני המפתח של גוף השסתום הכפול- הם חור כניסת השמן, חור החזרת השמן ותא הבקרה. לממדים המבניים שלהם יש השפעה משמעותית על ביצועי הזרקת הדלק של מזרק הדלק. ההבדל בקצבי הזרימה בין חור נפח הדלק החוזר לחור נפח דלק היניקה ונפח תא הבקרה קובעים את מהירות הפתיחה של שסתום מחט מזרק הדלק, בעוד שמהירות הסגירה של שסתום מחט מזרק הדלק נקבעת על ידי קצב הזרימה של חור נפח הדלק היניקה ונפח תא הבקרה. העיצוב של חור כניסת הדלק צריך להבטיח שלשסתום המחט של מזרק הדלק יש מהירות סגירה מספקת כדי להפחית את החלק של מזרק הדלק שמתפרק בצורה גרועה בשלב מאוחר יותר של ההזרקה.
בנוסף, לחץ הזרקת הדלק המינימלי של מזרק הדלק תלוי בקצב הזרימה של חור נפח הדלק החוזר וחור נפח דלק היניקה וכן באזור הקצה של בוכנת הבקרה. לאחר קביעת הממדים המבניים של חור כניסת הדלק, חור החזרת הדלק ותא הבקרה, נקבע תהליך הזרקת הדלק היציב והקצר ביותר עבור שסתום מחט מזרק הדלק לפתיחה מלאה, ובמקביל, נקבע נפח הזרקת הדלק המינימלי היציב של מזרק הדלק. הפחתת נפח תא הבקרה יכולה להפוך את מהירות התגובה של שסתום המחט למהירה יותר ולמזער את השפעת טמפרטורת הדלק על נפח הזרקת הדלק של מזרק הדלק.
עם זאת, לא ניתן להפחית את עוצמת הקול של חדר הבקרה ללא הגבלה. זה אמור להיות מסוגל להבטיח את הרמה של שסתום מחט מזרק הדלק כדי לפתוח את שסתום המחט במלואו. שני חורי הבקרה קובעים את הלחץ הדינמי בתא הבקרה, אשר בתורו קובע את חוק התנועה של שסתום המחט. על ידי התאמה קפדנית של מקדמי הזרימה של שני חורים אלה, ניתן לייצר חוק הזרקת דלק אידיאלי.

בשל לחץ ההזרקה הגבוה במיוחד של מערכת הזרקת המסילה המשותפת בלחץ גבוה-, שטח החתך- של חורי הזרבובית של מזרקי הדלק שלה קטן מאוד. לדוגמה, קוטר חור הזרבובית של מזרקי הדלק של חברת BOSCH הוא 0.169 מ"מ×6. תחת קוטר חור זרבובית קטן כל כך ולחץ הזרקה כה גבוה, זרימת הדלק נמצאת במצב לא יציב במיוחד, זווית חרוט הריסוס של קרן הדלק נעשית גדולה יותר, ואטומיזציית הדלק טובה יותר עם זאת, מרחק החדירה ירד. לכן, יש לשנות את עוצמת המערבולת של כניסת האוויר של מנוע הדיזל המקורי ואת צורת מבנה תא הבעירה כדי להבטיח את תהליך הבעירה הטוב ביותר.
עבור שסתום הסולנואיד של מזרק הדלק, מכיוון שמערכת המסילה המשותפת מחייבת אותו למהירות פתיחה מספקת, ובהתחשב בכך שהזרקה מוקדמת היא שיטת הזרקה חשובה לשיפור הביצועים של מנועי דיזל, יש לקצר עוד יותר את זמן התגובה של שסתום הסולנואיד הבקרה.