1. לפי מספר הצילינדרים ניתן לחלק למנועי דיזל חד צילינדרים ורב צילינדרים.
2. על פי המטרה, ניתן לחלק אותו למנועי דיזל ימיים, מנועי דיזל קטרים, מנועי דיזל לרכב, מנועי דיזל למכונות חקלאיות, מנועי דיזל מכונות הנדסיות, מנועי דיזל לייצור כוח ומנועי דיזל כוח נייחים.
3. על פי מצב אספקת הדלק, ניתן לחלק אותו לאספקת דלק מכנית למשאבת שמן בלחץ גבוה ואספקת דלק הזרקת מסילה משותפת בלחץ גבוה.
4. על פי סידור הצילינדר, ניתן לחלקו לסידור בשורה ובצורת V.